Недостаточная эффективность инновационного развития российских компаний в настоящее время становится одним из главных препятствий укрепления их конкурентоспособности на внутреннем и международных рынках. В статье показывается, что важнейшим фактором повышения эффективности инновационного развития компании является внедрение количественных методов оценки рисков на основе системного подхода. Рассмотрены алгоритмы решения основных задач, возникающих при моделировании рисков на трех уровнях - отдельного инновационного проекта, портфеля проектов, компании в целом.