Программное обеспечение информационных систем для малых предприятий (отечественных производителей, которых насчитывается около 100, включая и наиболее известные: "1С", "Парус", "Галактика" и др.), имеет немало общих характеристик, как в отношении реализуемой функциональности, так и в программной реализации. Попытки же ведущих западных фирм адаптировать к потребностям малых предприятий свои ERP-системы, такие как mySAP, MBS Navision и другие, на данный момент также не решают проблемы. Современные методы управления бизнес-процессами развиваются, прежде всего, применительно к большим корпоративным информационным системам. При этом отсутствует анализ возможности использования этих методов для небольших гибких информационных систем, их адаптации к конкретным условиям работы малых предприятий. В статье рассмотрена разработка принципов построения и анализа эффективных информационных систем для малых предприятий. Решение данной проблемы связано с выявлением особенностей предметной области малого бизнеса, определением критериев качества информационной системы с учетом требований ее пользователей, анализа и синтеза функциональной структуры информационной системы по заданным критериям.