Для сложных экономических систем важной задачей является создание информационной системы оперативного обеспечения информацией. Информационная система должна, в свою очередь, иметь базы данных, модели для оценивания информации, прогнозирования изменения данных во времени, а также обеспечивать поддержку управления - принятия оперативных, краткосрочных и долгосрочных решений. В статье предлагается методология математического и компьютерного моделирования, которая позволяет сформировать математические модели сложных экономических систем, функционирующих в условиях неопределенности, с целью последующей разработки компьютерного программного обеспечения и реализации решения исходных задач средствами современных информационных технологий.